Veebruaris 1918, kui bolevikud pidid sakslaste pealetungi kartusel Eestist lahkuma, kõlasid Aegnal tugevad plahvatused. Õhku lendasid võimsa 12-tollise patarei laskemoonalaod, puruks peksti ohvitseride eluruume ja süüdati sõdurite barakke.
Aegna rannakaitsepatareide remont algas enne Vabadussõja puhkemist
Kuigi Aegna kindlustamisel tuli alustada nullist, suudeti vaatamata kurnavale sõjale luua Tallinnale põhjapoolne kaitse. Kuigi Vabadussõja ajal sõjategevus Aegnani ei jõudnud, tehti seal ka sel ajal tõsiseid ettevalmistusi, et tõrjuda Punalaevastikku.
11. novembril 1918 tehti Aegnal algust allesjäänud sõjaväehoonete ning patareide ülevaatuse ja kordaseadmisega. Esimesed Eesti kaitseväelased asusid saarele kaks päeva hiljem, 13. novembril. Aegna saare patareide taastamist peeti väga oluliseks, sest need pidid kaitsma meie pealinna mere poolt.
Saarele Eesti kahurid
Esialgsel ülevaatusel avanes kurb pilt. Patareid olid lõhutud, elumajad põletatud või rüüstatud. Saare kaitsmine jäi esialgu kaitseliitlaste ja kooliõpilastest moodustatud väikse väesalga hooleks. Kaitseväelased majutati taludesse ja muldvarjenditesse.
Tuli kokku korjata patareide laialipillutud osi, neid korda seada, kokku panna ja teha patareid laskekõlblikuks. Tööd rühiti teha ööd ja päevad läbi ning 1. maiks 1919 oli osa Aegna saare võimsatest patareidest lahingukõlblik. Aegna saare komandandiks oli algul leitnant Arro ja seejärel alates 13. maist 1919 leitnant Paulson.
Aegna komandant oli sõjavõimude esindaja saarel. Tal olid linna komandandi ja garnisoni ülema õigused. Sõjaväe osas olid tal iseseisva väeosa (polgukomandöri) õigused.
Esialgu allusid Aegnal asunud kaitseväelased Eesti Kaitseliidu Tallinna Kindluse Piirkonna Rannakaitsele, seejärel 1. Kindluse Raskesuurtükiväe Divisjonile, kus moodustati 1919. aasta veebruaris rannapatareide osakond. Sama aasta 18. juunil see reorganiseeriti Merekindluse ja Suurtükkide ja Miinide Valitsuseks ning hiljem Merekindluse Staabiks.
Endisesse sakslaste patareisse paigutati kaks kuuetollist kahurit. 10. oktoobril 1919 nimetati see ümber patareiks nr 2. 16. juunist 1919 määrati kuuetollise patarei komandöri kohusetäitjaks aseohvitser Sinisoff.
Endine rannapatarei nr 14 jäi terveks, kuid oli relvadeta. Sinna paigaldati kaks 130-millimeetrist suurtükki. 10. oktoobril 1919 nimetati see ümber patareiks nr 3. 1. maist 1919 määrati 130-millimeetriste patarei komandöriks vanemleitnant Ernst Kogger. Selle patarei vanemohvitseri ametikohale edutati alates 3. juunist 1919 aseohvitser Järve. 20. augustil 1919 määrati komandöriks kapten Melkov.
Vabadussõja ajal peeti Tallinna kaitset silmas pidades eriti oluliseks 12-tollise patarei (endine 15. patarei) korrastamist. Seepärast saadeti 14. aprillil 1919 12-tolliste soomustornide komandöri abiks määratud Feldmanni mälestuste järgi koos temaga Aegnale kahuriväe asjatundja, II järgu kapten Gebhardt, Sadamatehaste insener Hendrikson ja veel mõned vilunud meistrid.
Saarele jõudnuna suunduti kõigepealt 12-tollilise patarei juurde, kus remonditi parempoolset soomustorni. Kohapeal veenduti, et nii nappide jõududega midagi eriti muuta ei anna.
Edukad remonditööd
12-tollise patarei ülevaatusel tulid ilmsiks tõsised kahjustused. Parempoolne torn oli purustatud ja lõhkeainete kelder kokkuvarisenud.
Vasakpoolse torni betoonosad olid pragunenud. Mõlema torni sisemehhanismid olid osaliselt rikutud või purustatud.
Paar päeva pärast 12-tollise patarei ja meeskonna ruumide ülevaatust saabus Feldmann meistrite ja töölistega tagasi saarele, et tõsisemalt suurtükkide remondiga tegelda. Kõigepealt tulid keldrist välja lõhkemata jäänud mürsud. Kuna elektrijaam oli hävitatud, toodi saarele eriline lokomobiil.
Heino Gustavsoni andmeil pandi patarei keskosas asunud komandopunktile uus kuppel Naissaarelt, kasutades ära Tahkuna 12-tollise patarei osi. Remonditööd edenesid hästi ning juba 1. mail 1919 sai ühest suurtükist teha esimese proovilasu. Tööd kestsid veel kesksuveni.