Es graduà a la Universitat de Saitama (1981) i més tard féu el doctorat a la de Tòquio (1986). El 1988 s'incorporà a l'Institut de Recerca dels Raigs Còsmics, on és professor; des del 1999 és director del Centre per a l'Estudi dels Neutrins Còsmics d'aquest mateix Institut. El 1998 detectà a l'observatori Super-Kamiokande l'oscil·lació de neutrins associada al canvi d'aromes a partir de la col·lisió de raigs còsmics a l'atmosfera terrestre, cosa que el portà a concloure l'existència de massa en aquestes partícules. Per aquesta descoberta rebé el premi Nobel de física el 2015, que compartí amb Arthur McDonald.