Munkánk alapvető eleme az EFSA külső tudományos szakértőinek tudása, tapasztalata és döntéshozatali tevékenysége. A hatóság által elvégzett értékelések túlnyomó többségéért az EFSA tudományos testületei felelősek. A 10 tudományos testület mindegyike az élelmiszer- és takarmánylánc egy–egy területét fedi le.
A tudományos bizottság feladata a testületek munkájának támogatása a horizontális tudományos kérdésekben. Elsősorban harmonizált kockázatértékelési módszerek kialakításán tevékenykedik azon területeken, ahol még nem határoztak meg az Európai Unióban általánosan elfogadott megközelítéseket.
A Tudományos Bizottság és a 10 tudományos szakbizottság tagsága, alapos és átlátható kiválasztási eljárást követően, ötévente megújul.