De voorloper van de huidige club is de in 1907 opgerichte club Troppauer FV (Troppau is de Duitse naam van Opava, in die tijd was de stad deel van het keizerrijk Oostenrijk-Hongarije). In 1909 werd de naam DSV Troppau. De officiële oprichtingsdatum van SFC Opava is echter in 1945 onder de naam SK Slezan Opava, die niets te maken had met de gelijknamige club die van 1908 tot 1931 bestond.
In 1955 speelde de club, intussen Baník Opava, voor het eerst buiten de provinciale reeksen. Nadat in 1972 een nieuw stadion in gebruik genomen werd promoveerde de club naar de derde klasse van het toenmalige Tsjechoslowakije. Na een hervorming van de competitiestructuur promoveerde Ostroj Opava in 1977 naar de tweede klasse en speelde daar tot 1981. In 1985 promoveerde de club terug. Nadat Tsjechoslowakije splitste werd de club tiende en kon zich niet plaatsen voor nieuwe Tsjechische liga en bleef in de tweede klasse.
Na de onafhankelijkheid van Tsjechië begon de club onder de naam Ostroj Opava in de tweede klasse en werd daar derde. Het volgende seizoen werd de club die inmiddels Kaučuk Opava heette vicekampioen en promoveerde zo naar de hoogste klasse. Kaučuk werd zesde en mocht aan de Intertoto deelnemen. De volgende seizoenen eindigde Kaučuk in de middenmoot. Voor de start van 1998/99 werd de naam Slezský FC Opava aangenomen. In 2000 degradeerde de club. Na een onmiddellijke terugkeer degradeerde de club opnieuw in 2002. Ook nu keerde de club meteen terug en kon dit keer het behoud verzekeren. Het volgende seizoen werd de club echter weer laatste. In 2010 degradeerde de club naar de derde klasse, maar kon na één seizoen terugkeren. In het seizoen 2017/18 werd SFC Opava kampioen in de Fortuna národní liga en keert daarmee terug naar het hoogste niveau.