Kaliningrado komandos debiutas „B“ klasėje įvyko 1957 m. Pirmą svarų laimėjimą Baltika pasiekė 1959 m., „B“ klasės IV zonoje užėmę antrąją vietą ir tik tašku atsilikę nuo nugalėtojo Vinicos „Lokomotyvo“. Toks pasiekimas pakartotas 1961 m. metais RTFSR II zonoje. Sėkmingi buvo ir šie sezonai: 1963 m. – 4-oji vieta RTFSR II zonoje, 1965 m. – 2-oji vieta RTFSR I zonoje.
Nuo 1966 m. Baltika – nuolatinė II TSRS futbolo lygos dalyvė. Sėkmingiausi sezonai TSRS futbolo čempionato II lygoje buvo: 1971 m. – 5 vieta II zonoje, 1981 – 5 vieta I zonoje, 1984 – 1 vieta V zonoje. 1986 m. Baltika užėmė V zonoje 13-ąją vietą. Vyr. komandos treneriu dirbo A. Ivanovas.
Eilę metų rungtyniavo Pirmoje lygoje, vėliau – Pirmame divizione. 2022–2023 m. sezone Pirmame divizione liko antroje vietoje, tačiau pateko į Premjer lygą.