Agencija za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine je samostalna upravna organizacija, osnovana Odlukom o osnivanju Agencije za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine („Službeni glasnik BiH“, broj 22/05), a na osnovu Zakona o hrani („Službeni glasnik BiH“, broj 50/04).
Agencijom za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine upravlja direktor u saradnji sa zamjenikom direktora i sekretarom u skladu sa Zakonom i Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji Agencije i drugim opštim aktima. Direktora i zamjenika direktora Agencije imenuje Vijeće ministara Bosne i Hercegovine na prijedlog predsjedavajućeg Vijeća ministara Bosne i Hercegovine, u skladu sa Zakonom o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine. Mandat direktora i zamjenika direktora traje četiri godine s tim da na istu funkciju mogu biti imenovani još jedan mandat.
Sjedište Agencije za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine je u Mostaru, na adresi: Kneza Višeslava bb, 88000 Mostar, Bosna i Hercegovina.