Provider: Schloss Dagstuhl - Leibniz Center for Informatics
Database: dblp computer science bibliography
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TY - JOUR
ID - DBLP:journals/biodb/VegaOGSS24
AU - Vega, Carlos
AU - Ostaszewski, Marek
AU - Grouès, Valentin
AU - Schneider, Reinhard
AU - Satagopam, Venkata P.
TI - BioKC: a collaborative platform for curation and annotation of molecular interactions.
JO - Database J. Biol. Databases Curation
VL - 2024
PY - 2024/01/
DO - 10.1093/DATABASE/BAAE013
UR - https://doi.org/10.1093/database/baae013
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/fbinf/GawronHPPEFCSHAGSSDFO23
AU - Gawron, Piotr
AU - Hoksza, David
AU - Piñero, Janet
AU - Peña-Chilet, María
AU - Esteban-Medina, Marina
AU - Fernandez-Rueda, Jose Luis
AU - Colonna, Vincenza
AU - Smula, Ewa
AU - Heirendt, Laurent
AU - Ancien, François
AU - Grouès, Valentin
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Schneider, Reinhard
AU - Dopazo, Joaquín
AU - Furlong, Laura I.
AU - Ostaszewski, Marek
TI - Visualization of automatically combined disease maps and pathway diagrams for rare diseases.
JO - Frontiers Bioinform.
VL - 3
PY - 2023/05/
DO - 10.3389/FBINF.2023.1101505
UR - https://doi.org/10.3389/fbinf.2023.1101505
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/fbinf/MazeinABRWNADGSGKSO23
AU - Mazein, Alexander
AU - Acencio, Marcio Luis
AU - Balaur, Irina
AU - Rougny, Adrien
AU - Welter, Danielle
AU - Niarakis, Anna
AU - Ardila, Diana Ramirez
AU - Dogrusoz, Ugur
AU - Gawron, Piotr
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Gu, Wei
AU - Kremer, Andreas
AU - Schneider, Reinhard
AU - Ostaszewski, Marek
TI - A guide for developing comprehensive systems biology maps of disease mechanisms: planning, construction and maintenance.
JO - Frontiers Bioinform.
VL - 3
PY - 2023/05/
DO - 10.3389/FBINF.2023.1197310
UR - https://doi.org/10.3389/fbinf.2023.1197310
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/jms/VegaSS23
AU - Vega, Carlos
AU - Schneider, Reinhard
AU - Satagopam, Venkata P.
TI - Analysis: Flawed Datasets of Monkeypox Skin Images.
JO - J. Medical Syst.
VL - 47
IS - 1
SP - 37
PY - 2023/12/
DO - 10.1007/S10916-023-01928-1
UR - https://doi.org/10.1007/s10916-023-01928-1
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q117886486
ER -
TY - CPAPER
ID - DBLP:conf/cordi/GuTAWJLEBS0V23
AU - Gu, Wei
AU - Trefois, Christophe
AU - Alper, Pinar
AU - Welter, Danielle
AU - Jarosz, Yohan
AU - Lebioda, Jacek
AU - Ebermann, Linda
AU - Becker, Regina
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Schneider, Reinhard
AU - Verdonck, Bert
TI - RDM Services at the Luxembourg National Data Service.
BT - 1st Conference on Research Data Infrastructure - Connecting Communities, CoRDI 2023, Karlsruhe, Germany, September 12-14, 2023
PY - 2023//
DO - 10.52825/CORDI.V1I.247
UR - https://doi.org/10.52825/cordi.v1i.247
ER -
TY - CPAPER
ID - DBLP:conf/cordi/WaltemathIMSB23
AU - Waltemath, Dagmar
AU - Inau, Esther Thea
AU - Michaelis, Lea
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Balaur, Irina
TI - Experiences From FAIRifying Community Data and FAIR Infrastructure in Biomedical Research Domains.
BT - 1st Conference on Research Data Infrastructure - Connecting Communities, CoRDI 2023, Karlsruhe, Germany, September 12-14, 2023
PY - 2023//
DO - 10.52825/CORDI.V1I.415
UR - https://doi.org/10.52825/cordi.v1i.415
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bioinformatics/KratochvilHWPAN22
AU - Kratochvíl, Miroslav
AU - Heirendt, Laurent
AU - Wilken, St Elmo
AU - Pusa, Taneli
AU - Arreckx, Sylvain
AU - Noronha, Alberto
AU - Aalst, Marvin van
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Ebenhöh, Oliver
AU - Schneider, Reinhard
AU - Trefois, Christophe
AU - Gu, Wei
TI - COBREXA.jl: constraint-based reconstruction and exascale analysis.
JO - Bioinform.
VL - 38
IS - 4
SP - 1171
EP - 1172
PY - 2022//
DO - 10.1093/BIOINFORMATICS/BTAB782
UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab782
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/datasci/GrouesVS22
AU - Grouès, Valentin
AU - Vega, Carlos
AU - Satagopam, Venkata P.
TI - A formalization of one of the main claims of "Mutations in STX1B, encoding a presynaptic protein, cause fever-associated epilepsy syndromes" by Schubert et al. 20141.
JO - Data Sci.
VL - 5
IS - 1
SP - 71
EP - 73
PY - 2022//
DO - 10.3233/DS-210051
UR - https://doi.org/10.3233/ds-210051
ER -
TY - CPAPER
ID - DBLP:conf/iwbbio/VegaKSS22
AU - Vega, Carlos
AU - Kratochvíl, Miroslav
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Schneider, Reinhard
TI - Translational Challenges of Biomedical Machine Learning Solutions in Clinical and Laboratory Settings.
BT - Bioinformatics and Biomedical Engineering - 9th International Work-Conference, IWBBIO 2022, Maspalomas, Gran Canaria, Spain, June 27-30, 2022, Proceedings, Part II
SP - 353
EP - 358
PY - 2022//
DO - 10.1007/978-3-031-07802-6_30
UR - https://doi.org/10.1007/978-3-031-07802-6_30
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/nar/BernhoferDKSHLO21
AU - Bernhofer, Michael
AU - Dallago, Christian
AU - Karl, Timothy
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Heinzinger, Michael
AU - Littmann, Maria
AU - Olenyi, Tobias
AU - Qiu, Jiajun
AU - Schütze, Konstantin
AU - Yachdav, Guy
AU - Ashkenazy, Haim
AU - Ben-Tal, Nir
AU - Bromberg, Yana
AU - Goldberg, Tatyana
AU - Kaján, László
AU - O'Donoghue, Seán I.
AU - Sander, Chris
AU - Schafferhans, Andrea
AU - Schlessinger, Avner
AU - Vriend, Gerrit
AU - Mirdita, Milot
AU - Gawron, Piotr
AU - Gu, Wei
AU - Jarosz, Yohan
AU - Trefois, Christophe
AU - Steinegger, Martin
AU - Schneider, Reinhard
AU - Rost, Burkhard
TI - PredictProtein - Predicting Protein Structure and Function for 29 Years.
JO - Nucleic Acids Res.
VL - 49
IS - Webserver-Issue
SP - 535
EP - 540
PY - 2021//
DO - 10.1093/NAR/GKAB354
UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkab354
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q111440852
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bioinformatics/Barbosa-SilvaBG19
AU - Barbosa-Silva, Adriano
AU - Bratfalean, Dorina
AU - Gu, Wei
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Houston, Paul
AU - Becnel, Lauren B.
AU - Eifes, Serge
AU - Richard, Fabien
AU - Tielmann, Andreas
AU - Herzinger, Sascha
AU - Rege, Kavita
AU - Balling, Rudi
AU - Peeters, Paul
TI - Presenting and sharing clinical data using the eTRIKS Standards Master Tree for tranSMART.
JO - Bioinform.
VL - 35
IS - 9
SP - 1562
EP - 1565
PY - 2019//
DO - 10.1093/BIOINFORMATICS/BTY809
UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty809
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q64121789
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bmcbi/GuYSVHSBSLLGHR19
AU - Gu, Wei
AU - Yildirimman, Reha
AU - Stuyft, Emmanuel Van der
AU - Verbeeck, Denny
AU - Herzinger, Sascha
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Barbosa-Silva, Adriano
AU - Schneider, Reinhard
AU - Lange, Bodo M. H.
AU - Lehrach, Hans
AU - Guo, Yike
AU - Henderson, David
AU - Rowe, Anthony
TI - Data and knowledge management in translational research: implementation of the eTRIKS platform for the IMI OncoTrack consortium.
JO - BMC Bioinform.
VL - 20
IS - 1
SP - 164:1
EP - 164:11
PY - 2019//
DO - 10.1186/S12859-019-2748-Y
UR - https://doi.org/10.1186/s12859-019-2748-y
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q64089275
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/ploscb/JigishaFRFDSSSK18
AU - Jigisha, Anupama
AU - Francescatto, Margherita
AU - Rahman, Farzana
AU - Fatima, Nazeefa
AU - DeBlasio, Dan F.
AU - Shanmugam, Avinash Kumar
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Santos, Alberto
AU - Kolekar, Pandurang
AU - Michaut, Magali
AU - Guney, Emre
TI - The ISCB Student Council Internship Program: Expanding computational biology capacity worldwide.
JO - PLoS Comput. Biol.
VL - 14
IS - 1
PY - 2018//
DO - 10.1371/JOURNAL.PCBI.1005802
UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005802
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q47561078
ER -
TY - CPAPER
ID - DBLP:conf/ipaw/AlperBSTGLJ18
AU - Alper, Pinar
AU - Becker, Regina
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Trefois, Christophe
AU - Grouès, Valentin
AU - Lebioda, Jacek
AU - Jarosz, Yohan
TI - Provenance-Enabled Stewardship of Human Data in the GDPR Era.
BT - Provenance and Annotation of Data and Processes - 7th International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2018, London, UK, July 9-10, 2018, Proceedings
SP - 266
EP - 269
PY - 2018//
DO - 10.1007/978-3-319-98379-0_33
UR - https://doi.org/10.1007/978-3-319-98379-0_33
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bioinformatics/CejuelaBUBKMBDS17
AU - Cejuela, Juan Miguel
AU - Bojchevski, Aleksandar
AU - Uhlig, Carsten
AU - Bekmukhametov, Rustem
AU - Karn, Sanjeev Kumar
AU - Mahmuti, Shpend
AU - Baghudana, Ashish
AU - Dubey, Ankit
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Rost, Burkhard
TI - nala: text mining natural language mutation mentions.
JO - Bioinform.
VL - 33
IS - 12
SP - 1852
EP - 1858
PY - 2017//
DO - 10.1093/BIOINFORMATICS/BTX083
UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx083
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q38959984
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bioinformatics/HerzingerGSERBS17
AU - Herzinger, Sascha
AU - Gu, Wei
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Eifes, Serge
AU - Rege, Kavita
AU - Barbosa-Silva, Adriano
AU - Schneider, Reinhard
TI - SmartR: an open-source platform for interactive visual analytics for translational research data.
JO - Bioinform.
VL - 33
IS - 14
SP - 2229
EP - 2231
PY - 2017//
DO - 10.1093/BIOINFORMATICS/BTX137
UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx137
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q30491213
ER -
TY - CPAPER
ID - DBLP:conf/swat4ls/BiryukovGS17
AU - Biryukov, Maria
AU - Grouès, Valentin
AU - Satagopam, Venkata P.
TI - BioKB - Text mining and semantic technologies for the biomedical content discovery.
BT - Proceedings of the 10th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4LS 2017), Rome, Italy, December 4-7, 2017.
PY - 2017//
UR - https://ceur-ws.org/Vol-2042/paper5.pdf
ER -
TY - Informal or Other Publication
ID - DBLP:journals/corr/abs-1712-05236
AU - Heirendt, Laurent
AU - Arreckx, Sylvain
AU - Trefois, Christophe
AU - Yarosz, Yohan
AU - Vyas, Maharshi
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Schneider, Reinhard
AU - Thiele, Ines
AU - Fleming, Ronan M. T.
TI - ARTENOLIS: Automated Reproducibility and Testing Environment for Licensed Software.
JO - CoRR
VL - abs/1712.05236
PY - 2017//
UR - http://arxiv.org/abs/1712.05236
ER -
TY - Informal or Other Publication
ID - DBLP:journals/f1000research/RijswijkBCCADEG17
AU - Rijswijk, Merlijn N. van
AU - Beirnaert, Charlie
AU - Caron, Christophe
AU - Cascante, Marta
AU - Angel, Victoria Dominguez Del
AU - Dunn, Warwick B.
AU - Ebbels, Timothy M. D.
AU - Giacomoni, Franck
AU - González-Beltrán, Alejandra N.
AU - Hankemeier, Thomas
AU - Haug, Kenneth
AU - Izquierdo-García, Jose L.
AU - Jiménez, Rafael C.
AU - Jourdan, Fabien
AU - Kale, Namrata
AU - Klapa, Maria I.
AU - Kohlbacher, Oliver
AU - Koort, Kairi
AU - Kultima, Kim
AU - Corguillé, Gildas Le
AU - Moschonas, Nicholas K.
AU - Neumann, Steffen
AU - O'Donovan, Claire
AU - Reczko, Martin
AU - Rocca-Serra, Philippe
AU - Rosato, Antonio
AU - Salek, Reza M.
AU - Sansone, Susanna-Assunta
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Schober, Daniel
AU - Shimmo, Ruth
AU - Spicer, Rachel A.
AU - Spjuth, Ola
AU - Thévenot, Etienne A.
AU - Viant, Mark R.
AU - Weber, Ralf J. M.
AU - Willighagen, Egon L.
AU - Zanetti, Gianluigi
AU - Steinbeck, Christoph
TI - The future of metabolomics in ELIXIR.
JO - F1000Research
VL - 6
SP - 1649
EP -
PY - 2017//
DO - 10.12688/F1000RESEARCH.12342.1
UR - https://doi.org/10.12688/f1000research.12342.1
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q38882086
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bigdata/SatagopamGEGOGB16
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Gu, Wei
AU - Eifes, Serge
AU - Gawron, Piotr
AU - Ostaszewski, Marek
AU - Gebel, Stephan
AU - Barbosa-Silva, Adriano
AU - Balling, Rudi
AU - Schneider, Reinhard
TI - Integration and Visualization of Translational Medicine Data for Better Understanding of Human Diseases.
JO - Big Data
VL - 4
IS - 2
SP - 97
EP - 108
PY - 2016//
DO - 10.1089/BIG.2015.0057
UR - https://doi.org/10.1089/big.2015.0057
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q31116335
ER -
TY - CPAPER
ID - DBLP:conf/swat4ls/GrouesBTS16
AU - Grouès, Valentin
AU - Biryukov, Maria
AU - Trefois, Christophe
AU - Satagopam, Venkata P.
TI - Semantic Web Technologies for a Knowledge Base of Biomedical Facts Extracted from Scientific Literature.
BT - Proceedings of the 9th International Conference Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, Amsterdam, The Netherlands, December 5-8, 2016.
PY - 2016//
UR - https://ceur-ws.org/Vol-1795/paper41.pdf
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bioinformatics/PapanikolaouPPT15
AU - Papanikolaou, Nikolas
AU - Pavlopoulos, Georgios A.
AU - Pafilis, Evangelos
AU - Theodosiou, Theodosios
AU - Schneider, Reinhard
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Ouzounis, Christos A.
AU - Eliopoulos, Aristides G.
AU - Promponas, Vasilis J.
AU - Iliopoulos, Ioannis
TI - BioTextQuest+: a knowledge integration platform for literature mining and concept discovery.
JO - Bioinform.
VL - 31
IS - 6
SP - 979
PY - 2015//
DO - 10.1093/BIOINFORMATICS/BTV029
UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv029
UR - https://www.wikidata.org/entity/Q57003035
ER -
TY - JOUR
ID - DBLP:journals/bioinformatics/PapanikolaouPPT0SOEPI14
AU - Papanikolaou, Nikolas
AU - Pavlopoulos, Georgios A.
AU - Pafilis, Evangelos
AU - Theodosiou, Theodosios
AU - Schneider, Reinhard
AU - Satagopam, Venkata P.
AU - Ouzounis, Christos A.
AU - Eliopoulos, Aristides G.
AU - Promponas, Vasilis J.
AU - Iliopoulos, Ioannis
TI - BioTextQuest