1. 外交部 部长：钱其琛 2. 国防部 部长：秦基伟（兼） 3. 国家计划委员会 主任：姚依林 → 邹家华（兼） 4. 国家经济体制改革委员会 主任：李鹏（兼） → 陈锦华 5. 国家教育委员会 主任：李铁映（兼） 6. 国家科学技术委员会 主任：宋健（兼） 7. 国防科学技术工业委员会 主任：丁衡高 8. 国家民族事务委员会 主任：司马义·艾买提（维吾尔族） 9. 公安部 部长：王芳（兼） → 陶驷驹 10. 国家安全部 部长：贾春旺 11. 监察部 部长：尉健行 12. 民政部 部长：崔乃夫 13. 司法部 部长：蔡诚 14. 财政部 部长：王丙乾（兼） → 刘仲藜 15. 人事部 部长：赵东宛 16. 劳动部 部长：罗干 → 阮崇武 17. 地质矿产部 部长：朱训 18. 建设部 部长：林汉雄 → 侯捷 19. 能源部 部长：黄毅诚 20. 铁道部 部长：李森茂 → 韩杼滨 21. 交通部 部长：錢永昌 → 黄镇东
22. 机械电子工业部 部长：邹家华（兼） → 何光远 23. 航空航天工业部 部长：林宗棠 24. 冶金工业部 部长：戚元靖 25. 化学工业部 部长：秦仲达 → 顾秀莲（女） 26. 轻工业部 部长：曾宪林 27. 纺织工业部 部长：吴文英（女） 28. 邮电部 部长：杨泰芳 29. 水利部 部长：杨振怀 30. 农业部 部长：何康 → 刘中一 31. 林业部 部长：高德占 32. 商业部 部长：胡平 33. 对外经济贸易部 部长：郑拓彬 → 李岚清 34. 物资部 部长：柳随年 35. 文化部 部长：王蒙 → 贺敬之（代） → 刘忠德（代） 36. 广播电影电视部 部长：艾知生 37. 卫生部 部长：陈敏章 38. 国家体育运动委员会 主任：李梦华 → 伍绍祖 39. 国家计划生育委员会 主任：彭珮云（女） 40. 中国人民银行 行长：李贵鲜（兼） 41. 审计署 审计长：吕培俭
