4 marca 1945 roku Koszalin został zdobyty przez wojska radzieckie - 3 Korpus Pancerny gen. Aleksego Panfiłowa. Mimo iż w mieście nie było długotrwałych walk, prawie całkowitemu zniszczeniu uległo śródmieście. Przybywających do Koszalina osadników witały gruzy i kikuty wypalonych domów. Spłonął ratusz miejski, zniszczono również większość zakładów przemysłowych, urządzeń gospodarki komunalnej, gazownię, sieć wodociągowo - kanalizacyjną. Szacuje się, że zburzeniu uległo około 40 procent zabudowy miasta.

Już w kilka dni po zakończeniu walk o miasto, przebywający tu mieszkańcy samorzutnie przystąpili do prac porządkowych. Zaczęli przybywać licznie polscy osadnicy, którzy szybko ukształtowali administrację cywilną, przejmując stopniowo obowiązki zarządzania miastem od komendantury radzieckiej. Wraz z napływem ludności cywilnej, pojawiły się również elementy przestępcze i zwykli szabrownicy, którzy często siłą próbowali zagarnąć mienie poniemieckie, aby je następnie wywieźć do Polski centralnej.

Spośród pierwszej grupy osadników przybywających z różnych stron kraju (pierwsza zorganizowana grupa przybyła w dniu 9 maja 1945 roku z Gniezna), wybrano burmistrza - Stanisława Jakubowskiego. Polska administracja musiała szybko zmierzyć się z trudnościami aprowizacyjnymi i bardzo złymi warunkami sanitarnymi. Duży udział w tym mieli mieszkańcy Gniezna, którzy w dużej grupie przybyli do miasta. To właśnie z nich wyłoniono pierwszy Zarząd Miejski w Koszalinie. Spośród jego 68 pracowników aż 57 mieszkało poprzednio w Gnieźnie lub jego okolicach, 5 w innych powiatach województwa poznańskiego, a tylko 6 pochodziło z innych regionów kraju. W 1945 roku Koszalin przejściowo był stolicą obszernego zachodniopomorskiego okręgu administracyjnego. Z chwilą jednak, gdy Szczecin został przejęty przez władze polskie, stolicę województwa zachodniopomorskiego przeniesiono właśnie do tego miasta, gdzie od lata 1945 roku urzędował Pełnomocnik Rządu na Okręg Pomorze Zachodnie.

Ostatecznie instytucje wojewódzkie przeniesiono w lutym 1946 roku do Szczecina. Koszalin stał się na kilka lat miastem powiatowym, co już wtedy obniżyło jego rangę. I chociaż odbudowa postępowała powoli, przybywało mieszkańców (pod koniec 1945 roku było ich już prawie 15 tysięcy), to jednak rozwój miasta został przyhamowany. Ówcześni osadnicy wspominali, że z chwilą gdy władze wojewódzkie przeniosły się do Szczecina, wyprowadziło się z Koszalina wielu przedsiębiorczych ludzi, przygasło życie kulturalne, które w roku 1945 zaczynało się pomyślnie kształtować. Już w końcu 1945 roku w mieście działało dziesięć sklepów, tworzono spółdzielnie, rzemieślnicy otworzyli ponad sto zakładów, uruchomiono browar, Zakład Przeróbki Konopi, Fabrykę Mydła 'Elerta' i Fabrykę Konserw Rybnych 'Tytan'. Rozpoczęły działalność trzy szkoły podstawowe, gimnazjum handlowe i gimnazjum ogólnokształcące. Zaczęły ukazywać się 'Wiadomości Koszalińskie', utworzono Muzeum Miejskie, rozpoczęło działalność Kino 'Polonia' - dzisiejsza 'Adria'. Życie powoli się normalizowało. W 1947 roku miasto opuściły wojska radzieckie. Zakończono również zasadnicze przesiedlanie na zachód ludności niemieckiej. Od 1948 roku prowadzono planowe odgruzowywanie śródmieścia, w którym udział brali spontanicznie mieszkańcy. W tym również roku uruchomiono gazownię miejską, powstała także Oficerska Szkoła Artylerii Przeciwlotniczej. Rok później po Koszalinie kursowały już pierwsze autobusy komunikacji miejskiej, obsługujące linie '1' i '2'.