Liseleje blev grundlagt som et fiskerleje i 1784 af industrimanden J.F. Classen og formentlig opkaldt efter hans hustru Elisabeth, kaldet Lise. Det var tanken, at der skulle leveres fisk til Classens krudtværk i Frederiksværk. Fiskerlejet, oprindelig med kun fire familier, blev anlagt i et område med flyvesand, og sent i 1800-tallet blev Liseleje Plantage anlagt for at bekæmpe flyvesandet. I 1901 blev byens vartegn, Ishuset, bygget; det leverede is til nedkøling af fisk. En egentlig havn blev aldrig anlagt, og det kommercielle fiskeri ophørte i 1950’erne. I begyndelsen af 1900-tallet åbnede feriepensionater, og der blev bygget et stort antal sommerhuse.