Het seizoen 2008/2009 van de Zondag Hoofdklasse B ging van start in het weekend van 6 en 7 september2008. De Zondag Hoofdklasse C is een van de zes afdelingen in de Hoofdklasse, de hoogste klasse in de Nederlandse amateurvoetbalcompetitie. De regerend kampioen was SV Deurne, dat in het seizoen 2007/08 met 51 punten uit 26 wedstrijden kampioen werd.
Dit seizoen keerden de volgende drie verenigingen niet terug:
LONGA en SV Venray werden kampioen in de Zondag eerste klasse C en Zondag eerste klasse D en dwongen zo rechtstreekse promotie af. RKSV Schijndel eindigde vorig seizoen op de twaalfde plaats in de Hoofdklasse B en moest daarom nacompetitie spelen voor lijfsbehoud. De wedstrijden tegen FC Vinkenslag en SV OSS '20 werden gewonnen en dus speelt Schijndel ook dit seizoen weer in de Hoofdklasse B.