De vereniging werd in 1967 opgericht en speelde tot de midden jaren 80 van de vorige eeuw in de A en B klasse. In 1993 begon de opmars van SV Heimstetten met de promotie naar de Bezirksliga. Na de promotie naar de Bezirksoberliga in 1998 en de Landesliga in 2003 volgde promotie naar de Bayernliga in het jaar 2006. In 2008 moest de club een stap terug doen met de degradatie naar de Landesliga. In 2010 keerde de club terug in de Bayernliga. In het seizoen 2011/2012 eindigde de club op de 15e plaats en moest men beslissingswedstrijden spelen tegen Würzburger FV om een plek in de Regionalliga Bayern. Deze tweekamp werd gewonnen, waardoor de club naar het vierde niveau klom. In 2015 degradeerde de club. In 2018 promoveerde de club terug naar de Regionalliga Bayern.