Junker brak door in het seizoen 2003/2004 nadat hij in de voorgaande jaren niet echt succesvol was op het hoogste niveau. Hij probeerde het bij Ølstykke FC dat één divisie lager speelde in de Viasat Sport Divisionen. Hier werd hij topscorer van de competitie door in 30 wedstrijden 23 maal doel te treffen.
FC Nordsjælland, die wel op het hoogste niveau speelde, bood hem een contract aan. In het seizoen daarop wist hij in de SAS Liga de eerste helft van het seizoen in 20 wedstrijden 15 doelpunten te scoren. Met het vertrek van Matthew Amoah in de winterstop van 2005/2006 vestigde men bij Vitesse de aandacht op Junker, die voor ruim 2 miljoen euro werd overgenomen.
Junker stond onder contract bij Vitesse vanaf 5 januari 2006 en had een contract dat liep tot 30 juni 2010. Hij debuteerde op 15 januari 2006 in de thuiswedstrijd tegen Feyenoord (0-1). Omdat hij bij Vitesse niet doorbrak, werd hij in de zomer van 2009 overgenomen door Roda JC. In het seizoen 09-10 groeide hij uit tot de clubtopscorer van Roda JC met 21 goals in 34 speelrondes. In het seizoen 10-11 scoorde hij 20 doelpunten. In het seizoen 2011/2012 scoorde hij minder, 6 goals na 31 wedstrijden, maar gaf hij wel 13 assists.
Junker en KV Mechelen kwamen op 18 juni 2012 tot een overeenkomst voor twee seizoenen. Junker wist in 59 wedstrijden 11 maal te scoren. In 2014 speelde hij in India bij Delhi Dynamos FC. In januari 2015 beëindigde hij zijn loopbaan.
Op 16 augustus2006 debuteerde Junker bij de Deense selectie in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Polen. Deze wedstrijd werd gewonnen met 2-0, zonder een doelpunt van Junker. Zijn tweede interland volgde vier jaar later. Junker was eerder actief in de landelijke jeugdelftallen.
Denemarken
Vitesse
Slowakije – Denemarken 
.svg){kind=small}
KV Mechelen
Delhi Dynamos FC
Brøndby IF