Lieutenant John Mark Kelly ist der Kommandant der Ares-IV-Mission, die 2032 zum Mars geschickt wird. Er muss im Kommandomodul bleiben, während seine Missionskameraden Andrei Novakovich und Rose Kumagawa auf der Oberfläche Forschungen durchführen. Er verschwindet samt dem Kommandomodul am 19. Oktober 2032 aus dem Marsorbit durch eine Raumanomalie, der Graviton-Ellipse. Er kann in der Anomalie noch einige Tage überleben und sammelt viele Daten, bis er schließlich stirbt.
Die USS Voyager begegnet im Jahr 2376 dieser Raumanomalie und erkennt schnell, dass es dieselbe ist, die die Ares IV verschluckt hat. Sie können das Kommandomudul zwar nicht bergen, aber Seven of Nine kann sämtliche Forschungsdaten und den Körper von Kelly mitnehmen. An Bord der Voyager erhält er dann eine vollständige Weltraumbestattung.
Er ist ein großer Fan der New York Yankees.