הליגה הסדירה כללה 14 קבוצות ששיחקו ביניהן במשך 2 סיבובים בני 13 משחקים כל אחד - 26 מחזורים בסך הכל. לאחר מכן פוצלה הליגה לפלייאוף עליון (6 קבוצות ששיחקו ביניהן במשך 2 סיבובים בני 5 משחקים כל אחד) ופלייאוף תחתון (8 קבוצות ששיחקו ביניהן במשך סיבוב אחד בן 7 משחקים) כולל תוספת של 10 ו-7 מחזורים לעונה הסדירה בהתאמה ובסה"כ 36 ו-33 מחזורים בהתאמה. על ניצחון במשחק מוענקות שלוש נקודות, ונקודה בודדת מוענקת על תיקו.
החל מעונה זו ובעקבות דירוג הליגה הישראלית (מקום 23, נכון לאוגוסט 2020) בקרב הליגות באירופה, ליגת העל שולחת את אלופת ישראל למוקדמות ליגת האלופות ועוד 3 קבוצות נוספות למוקדמות המפעל החדש של אופ"א, קונפרנס ליג, במקום למוקדמות הליגה האירופית כמו בעונות הקודמות.
עקב התפרצות נגיף הקורונה בישראל, חלו הגבלות מתחילת העונה על משחקי עונה זו - שרובה התקיימה ללא קהל - עד למחזור ה-25 (המשחק הראשון מזה שנה בו הותר קהל נערך ב-13 במרץ 2021 בין בני סכנין להפועל תל אביב במסגרת המחזור ה-25, ובו נכנסו כ-1500 צופים[1]), כאשר בהדרגה הקהל הוחזר למגרשים עם כמויות מוגבלות בהתחלה, ולקראת סוף העונה במהלך הפלייאוף גם נפתח מבצע שומר החומות שהגביל גם הוא על כניסת הקהל. ע"פ דיווחי התקשורת השונים[2] נכנסו למשחקים כ-250 אלף צופים, כאשר הותרה כניסת קהל רק ל-68 מתוך 240 המשחקים בעונה זו (כ-70% מהמשחקים התקיימו ללא קהל), כאשר גם למשחקים שהותר קהל, הייתה הגבלה על כמות הקהל.
העונה הסדירה התקיימה במתכונת של שני סיבובים בהם שיחקה כל קבוצה פעמיים נגד כל אחת מהקבוצות האחרות בליגה (מתכונת בית/חוץ). הקבוצות שסיימו את העונה הסדירה באחד מששת המקומות הראשונים המשיכו להתמודדות במסגרת הפלייאוף העליון. שאר הקבוצות התמודדו בפלייאוף התחתון.
המשחקים בפלייאוף העליון התקיימו בשני סבבים של משחקי בית/חוץ (סה"כ 10 משחקים). בפלייאוף התחתון התקיים סיבוב משחקים אחד (סה"כ 7 משחקים). 2 הקבוצות שסיימו במקומות האחרונים ירדו לליגה הלאומית.